Existe una diversidad de tipologías de puertos en Entre Ríos, al estar rodeada por dos grandes cursos hídricos: Río Paraná y Río Uruguay.
Debido a la diversidad de tipologías de puertos en la provincia, los mismos se clasifican en:

- Fluviales: son aquellos de poco calados que trabajan con las barcazas y embarcaciones menores.

- Fluvio Marítimos: son de gran calados en donde cargan los barcos de ultramar. Estos a su vez pueden ser mixtos (barcaza y ultramar).En general estos barcos de ultramar transportan cereales y minerales. A diferencia de los puertos fluviales, los puertos fluvio marítimos llevan carga a todo el mundo.

Por la característica geográfica, de estar rodeada por dos grandes ríos, los puertos son una vía estratégica para el transporte de la producción. Por orden de importancia los principales puertos provinciales son Ibicuy, Concepción del Uruguay y Diamante, que en los últimos años se mejoraron y modernizaron para hacer frente a la multiplicación de los movimientos de productos de la región mesopotámica.