El origen formal de la ciudad se remonta al período en que el Gobernador Mansilla gobernó la provincia. Mansilla autoriza a comprar una manzana de terreno para la construcción de la Capilla, casa parroquial y cementerio (20 de noviembre de 1823). Es así que el pueblo comienza a tomar forma, desarrollándose en torno a la plaza, hoy, "25 de Mayo". En 1835, se inaugura la capilla y abren los registros bajo la advocación de "Santa Rosa de Villaguay".

La Plaza 25 de Mayo, situada en el centro de la ciudad, tiene características propias de las trazadas en épocas coloniales. A su alrededor, se nuclean los edificios más importantes con arquitectura renacentista, italiana y francesa: Municipalidad, Tribunales, Bancos, Policía, Biblioteca, etc. En el centro se levanta un busto del Libertador General Don José de San Martín. Cuenta además con una rotonda, escenario de espectáculos musicales y artísticos.

Luego de una investigación realizada por el Centro de Investigaciones Históricas "Carlos Castello" del Museo Histórico Regional se estableció el 20 de Noviembre de 1823, como la fecha de su "Origen Histórico". Hasta 1873 el pueblo fue administrado por Comandantes Militares.

La Municipalidad se instituye jurídicamente el 1º de enero de 1873, teniendo como su primer intendente a Don Vicente Vilches. Desde 1880 en adelante comienza el progresivo asentamiento en la región de las primeras colonias de inmigrantes. Según un mapa de las Colonias de Inmigrantes en Entre Ríos a partir de 1857, encontramos en Villaguay: cinco colonias judías (Villa Clara, Villaguay, Carmel, Villa Domínguez y San Gregorio); una de alemanes del Volga y seis de españoles, italianos, franceses y belgas. Ya a mediados del siglo XX, se fundó la Colonia Oficial nº 2 de Raíces.